Covid-19 : ce que l'on sait du sous-variant d'Omicron BA.2 détecté en France

Un sous-variant d'Omicron, apparu il y a quelques semaines, circule actuellement dans plusieurs pays. Encore peu connu, ce variant nommé BA.2 a été détecté en France, "mais à des niveaux très faibles" a indiqué l'agence Santé publique France ce vendredi. "Ce qui nous intéresse, c'est s'il possède des caractéristiques différentes en termes de contagiosité, d'échappement immunitaire ou de sévérité", explique SPF. Que sait-on de lui ?

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Un sous-variant d'Omicron

BA.2 est un sous-variant de BA.1, le variant Omicron d'origine. Le nom Omicron est en fait un "terme générique" qui désigne sans distinction plusieurs lignages de virus très proches, explique l'Organisation mondiale de la santé (OMS) vendredi dans son dernier point hebdomadaire.

"On a une situation internationale où le variant Omicron circule beaucoup, il est normal qu'on observe au cours du temps des sous-lignages", a rappelé Santé publique France vendredi. "Il y a des variants assez régulièrement", a indiqué pour sa part le ministre français de la Santé, Olivier Véran, jeudi soir, lors de la conférence de presse sur le calendrier de levée des restrictions sanitaires en France. 

Les mutations d'un virus apparaissent au moment de sa réplication. "Pour se reproduire, une cellule doit commencer par répliquer son patrimoine génétique à l’identique", explique l'Inserm. Mais "aucun système n’est infaillible et des erreurs" peuvent parfois avoir lieu au moment de cette réplication. "Elles constituent alors des mutations, transmises aux cellules filles."

Des mutations sur la protéine Spike

BA.2, s'il partage beaucoup de mutations avec BA.1, présente plusieurs mutations supplémentaires, notamment sur la protéine Spike, la "clé qui permet au SARS-CoV‑2 de pénétrer dans nos cellules" rappelle l'Inserm. BA.2 est également dépourvu d'un certain nombre de mutations dont le variant original était lui-même porteur. Or des mutations sur la protéine Spike "aussi minimes soient-elles" peuvent "influencer l’efficacité des tests et vaccins".

Est-il plus sévère ?

BA.1, le variant Omicron "classique", était lui-même plus contagieux mais moins agressif que le variant Delta. "Pour ce que nous savons pour l'instant", a dévoilé Olivier Véran jeudi soir, ce nouveau sous-variant BA.2 "correspond peu ou prou aux caractéristiques que nous connaissons d'Omicron". 

Selon l'épidémiologiste Antoine Flahault, directeur de l'Institut de santé globale à Genève : "On a pour le moment l'impression qu'il est d'une sévérité comparable à Omicron". Ce variant BA.2 ne "change donc pas la donne" à ce stade, a ajouté Olivier Véran jeudi soir. 

"De nombreuses questions sont encore sur la table", tempère cependant Antoine Flahault, qui invite à "mettre en place des techniques de criblage pour bien le détecter et voir rapidement quelles sont ses propriétés", encore peu connues_._ L'Organisation mondiale de la santé (OMS), qui a classé Omicron comme "variant préoccupant", ne fait à ce stade pas de distinction avec le sous-variant BA.2.

Est-il plus contagieux ?

Au Danemark, ce sous-variant remplace BA.2 progressivement le BA.1, a observé l'agence Santé publique France. "Les autorités danoises n'ont pas d'explication à ce phénomène" mais la France "suit de près les données qui seront produites par le Danemark". 

"BA.2 semble être la principale lignée Omicron dans (une partie de) l'Inde et les Philippines et il est prouvé qu'elle est en croissance par rapport à BA.1 au Danemark, au Royaume-Uni et en Allemagne", affirme de son côté Tom Peacock, virologue à l’Imperial College de Londres. Or selon lui, "la croissance constante dans plusieurs pays est la preuve que BA.2 peut être, dans une certaine mesure, plus contagieux que BA.1." 

"Ce qui nous a surpris, c'est la rapidité avec laquelle ce sous-variant, qui a beaucoup circulé en Asie, s'est installé au Danemark", a déclaré à l'AFP vendredi l'épidémiologiste Antoine Flahault. Il conclut lui aussi que "ce sous-variant semble très transmissible mais pas plus virulent" que le variant Omicron originel.

Faut-il s'inquiéter ?

Pour Antoine Flahault, il est encore trop tôt pour s'inquiéter, mais la "vigilance" est de mise. "Nous n'avons actuellement pas une bonne idée" de la gravité de ce sous-variant ni de la "quantité de transmissibilité supplémentaire" qu'il pourrait avoir par rapport à BA.1, indique Tom Peacock. Prudent, il ajoute tout de même que "les observations *très* précoces de l'Inde et du Danemark suggèrent qu'il n'y a pas de différence dramatique de gravité par rapport à BA.1. Ces données devraient se concrétiser (d'une manière ou d'une autre) dans les semaines à venir." 

Selon lui également, "il y a probablement des différences minimes dans l'efficacité du vaccin contre BA.1 et BA.2". Il conclut : "Personnellement, je ne suis pas sûr que BA.2 aura un impact substantiel sur la vague actuelle d'Omicron de la pandémie (...) Cela dit, je ne serais pas si surpris que BA.2 remplace lentement BA.1 au cours des prochains mois".